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As atividades de pesquisa da Limnologia UFRJ podem ser agrupadas nas grandes linhas abaixo, por onde podem transitar um ou mais dos projetos em andamento em um determinado momento no grupo.


Fisiologia e Dinâmica de Populações de Organismos Aquáticos
Regulação e Estruturação de Comunidades
Processos Ecossistêmicos em Ambientes Aquáticos Continentais
Avaliação de Impacto e Restauração de Ecossistemas Aquáticos
Educação Ambiental
Natureza, Sustentabilidade e Gaia